中央空调冷却循环水系统中会产生水垢、菌藻滋生及腐蚀问题。在夏季供冷期冷却循环为敞开式系统，同时空气尘埃中有机物、微生物等会带入水中，冷却水的温度很适合菌藻的生长，不断生长的藻类会形成生物粘泥，在管道中生成异氧菌、铁细菌、硝化细菌、硫酸盐还原菌等细菌的大量繁殖，造成管道内壁的腐蚀，产生铁锈皮的脱落，影响冷凝器的换热；循环冷却水中还会生长军团菌等病菌对人的身体造成伤害 。循环水的中的钙、 镁离子会随着冷凝器换热时水温的升高生成水垢，附着在冷凝器铜管的内壁，形成致密水垢（主要是碳酸钙垢）。水垢和污垢往往结合在一起，结垢和粘泥能引起或加重腐蚀，严重影响换热。因此冷却循环水处理的主要任务就是消除或减少结垢、腐蚀及生物粘泥的危害，以保证整个循环水系统的效率和使用年限。由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，往往得不到运行管理人员足够的重视。但是“结垢、腐蚀、菌藻”是循环冷却水系统不可忽视的问题。